Une histoire bien mystérieuse provenant d’Amérique Latine, entoure ces crânes de cristal, qui dateraient de la période pré-hispanique. Ils ont fait leur apparition à la fin du XIXe siècle sur les marchés européens parmi les amateurs d'antiquités et d’archéologie et furent rapidement entourés de beaucoup de spéculation. Ce sont des sculptures de pierre représentant des crânes humains. Leur taille est variable; certains mesurent quelques centimètres, d'autres sont à l'échelle humaine. Un certain nombre d'entre eux sont en pur cristal de quartz, mais beaucoup sont faits de minéraux que l'on trouve en abondance sur la terre. Certains seraient faux, mais certains de ces crânes sont encore considérés comme authentiques.

Ces crânes de cristal, qu’auraient possédé les peuples de l’Amérique du Sud, dateraient de plus de 5000 ans selon les légendes mayas. Ce qui est surprenant, est qu’il est techniquement impossible que de tels crânes, d’une si grande perfection, aient été façonnés par ces tribus. Ces derniers ne possédaient pas les outils nécessaires à leur confection et un tel travail leur aurait demandé plusieurs centaines d’années de labeur intensif. Les traces d’usinages sont complètement absentes de certains crânes révélant qu’un tel niveau de finition est impossible, même avec les outils du XXe siècle. Plusieurs d’entre eux, ont été taillés sans tenir compte de l'axe naturel du cristal alors que les sculpteurs de cristal modernes prennent toujours en compte cet axe ou l'orientation de la symétrie moléculaire du cristal, car s'ils le taillent "contre le grain", celui-ci se brise  systématiquement -- même si le laser ou d'autres méthodes ultra-modernes de découpage sont utilisées. 

Selon la légende indienne, il existerait 13 crânes. Ces derniers possèderaient d’importantes informations sur les origines de l’humanité, sur son destin et sur la plupart des mystères entourant la vie dans l’univers. Selon la légende Maya, ce sont les Itzas, des hommes venus de l’Atlantide, qui auraient apporté les crânes avec eux. Il est intéressant à noter que le peuple Atlante a toujours fait partie des légendes et croyances transmises par les Mayas. Ces crânes pourraient parler, même chanter, et possèderaient de nombreux autres pouvoirs lorsqu’ils sont tous réunis. Selon la légende, et à l’origine des temps, il aurait existé 12 mondes dans lesquels la vie humaine aurait été présente. La terre était connue pour être le plus jeune monde d’entre tous. Des anciens, venus du ciel, auraient apportés ces crânes sur la terre et auraient fait don de leurs connaissances aux hommes, les aidant également à construire quatre grandes civilisations que sont l’Atlantide, la Lémurie, Mieyhun et Mu. Les 13 crânes auraient été gardés dans une grande pyramide par les Olmèques, les Mayas et finalement par les Aztèques. Ces derniers seraient les responsables de la dispersion et de leur perte.